Hoe gewild deze motoren in het verleden ook waren, ze worden voor 2007 toch ook op diverse punten ingrijpend aangepast. De correcties gebeurden zowel op technisch als op optisch vlak. Ze maken dat deze motoren als een nieuwe generatie FZ motoren mogen beschouwd worden.

Het rijwielgedeelte kreeg een nieuwe swingarm die gemaakt is uit hoofdzakelijk aluminium gietstukken. Deze swingarm is niet alleen lichter maar heeft ook een andere balans tussen stijfheid en flexibiliteit waardoor de motor volgens Yamaha lichter en sportiever moet sturen. De remklauwen zijn eveneens vervangen, door monoblock klauwen, waardoor er meer gevoel in de remmen onstaat en er een grotere stopkracht wordt bereikt. De voetsteunen van de passagier zijn iets lager geplaatst en uitgevoerd in aluminium waardoor ze beter in het geheel passen. Om het comfort te verhogen zijn ze vanaf nu ook met rubber bekleed. De buitenbenen van de voorvork zijn bekleed met een Alumite finish en het voorspatbord kreeg een nieuwe vormgeving. Ook de stroomlijn van de Fazer werd hertekend. De lijnen zijn meer op de R-serie geïnspireerd waardoor de motor een sportievere uitstraling kreeg, terwijl de windbescherming verbeterd werd. Het zadel kreeg ook een nieuwe polstering en een nieuwe bekleding waardoor het zitcomfort verbeterd werd.

Naast tal van andere, niet nader omschreven updates aan het rijwielgedeelte kregen de motoren ook een nieuw instrumentarium dat op dat van de FZ1 is geïnspireerd. De verlichting van dit klokkenspel is regelbaar waardoor een optimale afleesbaarheid ontstaat.

Het motorblok kreeg een herziene mapping voor zijn management. Daardoor moet de motor beter presteren in het toerenbereik waarin op straat veelal gereden wordt, namelijk het middengebied. Wellicht om dezelfde reden is het uitlaatsysteem vernieuwd. Het systeem kreeg bovendien nieuwe katalysatoren waardoor de motor een nog schonere uitstoot heeft. De 2007 versies van de FZ6 Fazer zullen verkrijgbaar zijn zowel met als zonder ABS en dat in de kleuren Lava Red,Yamaha Blue en Midnight Black. De FZ6 kan je natuurlijk ook optioneel van ABS voorzien en kan aangeschaft worden in de kleuren Power Blue, Competition White, Metallic Silver en Midnight Black.